Facturation électronique : la FAQ Endrix pour comprendre la réforme

La réforme de la facturation électronique constitue l’une des évolutions majeures de la gestion administrative des entreprises dans les prochaines années. Pourtant, malgré l’approche progressive du calendrier réglementaire, de nombreuses questions subsistent encore : quelles structures sont réellement concernées ? Quelles obligations anticiper ? Et à partir de quand ?
Pour répondre aux interrogations les plus fréquentes, Endrix met à disposition du contenu pédagogique sous forme de FAQ dédié à la compréhension de la facturation électronique. Cette série vise à apporter des réponses concrètes aux dirigeants et à éclairer les situations souvent sources de confusion.
Cette FAQ reprend et développe les points essentiels de la réforme afin d’aider les entreprises à mieux la comprendre et l’anticiper.

Les structures non assujetties à la TVA

Le périmètre de la réforme de la facturation électronique suscite de nombreuses interrogations, en particulier pour les organisations qui ne facturent pas de TVA. Pourtant, toutes les situations ne sont pas identiques.
Certaines structures restent en dehors du dispositif, tandis que d’autres doivent s’y préparer malgré l’absence de TVA sur leurs factures.
Endrix fait le point sur cette thématique et apporte des réponses claires.

Les associations non assujetties à la TVA sont-elles concernées ?

Certaines organisations ne sont pas concernées par le dispositif de facturation électronique.
C’est notamment le cas des associations loi 1901 non assujetties à la TVA. Ces structures ne sont pas référencées dans l’annuaire national utilisé dans le cadre de la réforme et ne relèvent donc pas du périmètre d’application actuel.
Concrètement, ces associations peuvent continuer à fonctionner selon leurs modalités actuelles sans adaptation spécifique liée à la réforme.
Toutefois, la situation peut évoluer. Si une association devient ultérieurement assujettie à la TVA, elle entrera alors dans le champ d’application du dispositif et devra se conformer aux obligations de facturation électronique.

Une association non assujettie doit-elle s’inscrire pour recevoir des factures électroniques ?

Non.
Une association non assujettie à la TVA n’a pas l’obligation de s’inscrire dans le dispositif de facturation électronique pour recevoir des factures.
Les fournisseurs peuvent donc continuer à transmettre leurs factures selon les pratiques actuelles :

  • facture papier,
  • facture PDF envoyée par courrier électronique,
  • ou tout autre mode de transmission habituel.

À terme, certaines structures pourront néanmoins choisir d’anticiper cette évolution. L’annuaire international PEPPOL permettra notamment aux organisations qui le souhaitent de s’identifier afin d’émettre ou de recevoir des factures électroniques via une solution conforme à la réglementation.

Les entreprises exonérées ou en franchise de TVA sont-elles concernées ?

Oui, et cette situation constitue une source fréquente de confusion.
Une entreprise peut ne pas facturer de TVA tout en restant juridiquement assujettie à la TVA. C’est notamment le cas de plusieurs catégories d’activités, parmi lesquelles :

  • les micro-entrepreneurs,
  • certaines activités exonérées (formation professionnelle, courtage en assurance, certaines locations, etc.).

Ces structures entrent donc pleinement dans le périmètre de la réforme de la facturation électronique.
L’absence de TVA sur les factures restera inchangée. En revanche, les modalités d’émission et de transmission des factures devront évoluer afin de respecter le calendrier réglementaire de la réforme.

FAQ

Calendrier et obligations pour les TPE et travailleurs indépendants

La réforme de la facturation électronique prévoit un déploiement progressif afin de permettre aux plus petites structures d’anticiper leur transition.
Les TPE et les travailleurs indépendants disposent ainsi de plusieurs étapes pour adapter leurs outils et leurs pratiques.

Quel calendrier pour les TPE ?

Pour les très petites entreprises, deux échéances principales sont à retenir :

1er septembre 2026
Les entreprises devront être en capacité de recevoir des factures électroniques.

1er septembre 2027
Les entreprises devront émettre leurs factures au format électronique.

Ce calendrier progressif permet aux TPE de préparer leur organisation sans devoir modifier immédiatement leurs pratiques d’émission de factures.

Ainsi, une TPE qui facture des grandes entreprises ne sera pas obligée d’émettre des factures électroniques dès 2026. Elle pourra maintenir ses modalités actuelles jusqu’en 2027, tout en se préparant à la réception électronique des factures dès 2026.

Quel calendrier pour les auto-entrepreneurs et travailleurs indépendants ?

Les travailleurs indépendants et auto-entrepreneurs sont soumis au même calendrier que les TPE.

Les échéances à retenir sont donc les suivantes :

  • 2026 : obligation de réception des factures électroniques
  • 2027 : obligation d’émission des factures électroniques

À terme, l’ensemble des acteurs économiques devra utiliser une solution compatible avec le dispositif de facturation électronique.
Cette évolution implique souvent une réflexion sur :

  • les outils de gestion utilisés,
  • la compatibilité des logiciels existants,
  • et l’organisation interne de la gestion des factures.

La facturation électronique permettra-t-elle de supprimer les retards de paiement ?

Non.

La réforme de la facturation électronique ne modifie pas les règles juridiques relatives aux délais de paiement entre clients et fournisseurs.
Les échéances légales applicables aux transactions commerciales restent donc inchangées.
En revanche, la réforme vise à améliorer la fiabilité et la traçabilité des échanges grâce à :

  • une transmission normalisée des factures,
  • une meilleure traçabilité des flux,
  • une réduction des erreurs et des pertes documentaires.

Les retards de paiement pourront donc continuer d’exister. Toutefois, les échanges seront plus transparents et plus sécurisés, ce qui facilitera le suivi des factures et la gestion des litiges.

FAQ1

Outils, ERP et cas techniques

Au-delà du périmètre des entreprises concernées et du calendrier de mise en œuvre, la réforme de la facturation électronique soulève également de nombreuses questions techniques.
Les dirigeants s’interrogent notamment sur l’impact de cette évolution sur leurs outils existants, comme :

  • les ERP,
  • les logiciels de gestion commerciale,
  • ou encore les solutions e-commerce.

Dans la majorité des situations, les outils déjà utilisés pourront continuer à fonctionner. Toutefois, ils devront être intégrés dans le nouveau dispositif de facturation électronique afin de permettre la transmission des factures selon les standards réglementaires.
Cette adaptation passe généralement par l’utilisation d’une plateforme agréée, chargée d’assurer la transmission conforme des factures.

ERP ou logiciel de gestion commerciale : quelle procédure avec la réforme ?

Les entreprises qui utilisent déjà un ERP ou un logiciel de gestion commerciale pourront, dans la plupart des cas, conserver leur solution actuelle.
Cependant, ces outils devront être interfacés avec une plateforme agréée afin de transmettre les factures dans le respect des exigences du dispositif de facturation électronique.
Concrètement, l’organisation reste proche du fonctionnement actuel :

  • l’ERP ou le logiciel continue de générer les factures,
  • la plateforme agréée assure la transmission vers le destinataire et vers l’administration fiscale selon les standards imposés par la réforme.

Sans connexion avec une plateforme agréée, l’envoi des factures ne pourra pas être considéré comme conforme aux obligations réglementaires.
Il est donc essentiel d’anticiper cette intégration technique afin d’assurer une transition fluide vers la facturation électronique.

Comment vérifier si une plateforme agréée est compatible avec votre ERP ?

La compatibilité entre un ERP et une plateforme agréée repose principalement sur les connecteurs techniques disponibles et les possibilités d’interfaçage entre les deux systèmes.
Dans la majorité des situations, une analyse technique préalable permet de vérifier :

  • si une connexion standard existe déjà entre les outils ;
  • ou si des développements spécifiques doivent être envisagés.

En effet, toutes les plateformes ne sont pas nécessairement compatibles avec l’ensemble des ERP présents sur le marché.
Anticiper cette vérification permet donc :

  • de sécuriser la mise en conformité,
  • d’éviter des développements techniques imprévus,
  • et de faciliter l’intégration de la facturation électronique dans les processus existants.

La numérotation des factures en e-commerce (WordPress) pose-t-elle un problème ?

Les entreprises opérant en e-commerce doivent porter une attention particulière à la numérotation des factures.
Les solutions utilisées, notamment certains plugins ou outils développés sous WordPress, doivent garantir une numérotation :

  • continue,
  • unique,
  • et chronologique.

Ces exigences sont indispensables pour respecter les obligations fiscales applicables à la facturation.
Dans certains cas, des ajustements peuvent donc être nécessaires afin de s’assurer que le système de facturation respecte ces règles.
Cette vérification constitue une étape importante pour garantir la conformité des processus de facturation dans le cadre de la réforme de la facturation électronique.

Plateformes agréées (PA) 

Quels sont les critères essentiels pour choisir sa Plateforme Partenaire (PA) ?

Le choix d’une plateforme ne doit pas se limiter à une simple question de conformité, mais doit s’inscrire dans une réflexion globale sur la digitalisation de votre entreprise. Plusieurs facteurs clés doivent guider votre décision : le volume annuel de factures, la complexité de votre organisation interne (multi-sites, circuits de validation) et la compatibilité avec vos logiciels de gestion existants.

En pratique : Réalisez un audit rapide de vos cas d’usage. Avez-vous besoin d’un outil de paiement intégré ? D’une gestion avancée des bons de commande ? Identifiez vos besoins réels pour éviter de souscrire à des fonctionnalités superflues qui alourdiraient vos coûts et vos processus.

Attention : Une solution adoptée par un confrère n’est pas systématiquement la meilleure pour vous. Chaque activité possède ses propres spécificités de facturation (acomptes, situations de travaux, devises étrangères).

Pourquoi le passage par une plateforme agréée et le paiement d'un abonnement sont-ils nécessaires ? 

Avec la réforme, le modèle de facturation “en circuit fermé” disparaît. L’échange direct de factures par email (PDF simple) ou par courrier ne sera plus reconnu légalement. Pour garantir l’authenticité, l’intégrité du contenu et la transmission automatique des données à l’administration, le passage par une Plateforme Partenaire (PA) devient le point de passage obligatoire.

En pratique : L’abonnement finance non seulement la sécurisation technique de vos données et leur archivage légal pendant 10 ans, mais aussi l’interopérabilité avec toutes les autres plateformes du marché. C’est la garantie que votre facture arrive à bon port sans intervention manuelle.

Attention : Méfiez-vous des offres “totalement gratuites” sur le long terme. Une plateforme engage sa responsabilité et assure une maintenance constante. Comme le rappelle l’adage, si le service n’a pas de prix, la valeur réside souvent dans l’exploitation de vos données commerciales.

Le coût de la plateforme est-il fixe ou faut-il prévoir des frais par facture ? 

Le modèle économique varie selon les prestataires. Le marché se structure actuellement autour de deux modèles principaux : l’abonnement forfaitaire (tout inclus ou avec un quota de factures) et le modèle à la consommation (un coût fixe par facture émise ou reçue).

En pratique : Il est impératif d’étudier la structure tarifaire avant de s’engager. Si vous avez un faible volume de factures mais très complexes, un abonnement fixe peut être préférable. À l’inverse, pour une activité saisonnière, un coût à l’usage peut s’avérer plus rentable.

Attention : Vérifiez bien si les services annexes (archivage à valeur probante, assistance technique, connecteurs ERP) sont inclus dans le prix de base ou s’ils font l’objet d’une facturation complémentaire.

Est-il possible d'interfacer la PA Endrix avec mes outils de gestion actuels ? 

Oui, l’ouverture est l’un des piliers de la réforme. Les plateformes agréées sont développées pour devenir le “hub” de vos flux financiers. Elles disposent de connecteurs (API) permettant de s’interfacer avec la majorité des logiciels de gestion commerciale, des ERP et des outils de production comptable.

En pratique : L’objectif est de conserver vos habitudes de travail. Vous continuez de saisir vos factures dans votre outil habituel, et celui-ci “pousse” automatiquement les données vers la plateforme pour validation et envoi. Cela évite les doubles saisies et les risques d’erreurs.

Attention : Avant tout déploiement, une vérification de la compatibilité technique entre vos outils actuels et la plateforme choisie est indispensable. Certaines versions anciennes de logiciels peuvent nécessiter une mise à jour préalable.

Facturation électronique : quelles prochaines questions dans la FAQ Endrix ?

La FAQ Endrix dédiée à la facturation électronique continuera de s’enrichir dans les prochaines semaines à partir des questions remontées

  • des questions remontées par les dirigeants,
  • et des situations rencontrées sur le terrain par les équipes conseil.

Les prochaines publications aborderont notamment plusieurs sujets opérationnels majeurs, parmi lesquels :

  • l’impact de la réforme sur les outils et ERP, notamment les procédures à prévoir, la compatibilité des systèmes existants et certains cas techniques spécifiques ;
  • le rôle des plateformes agréées, leurs modalités de fonctionnement, les critères de choix, les coûts associés ainsi que leurs interactions avec les outils de gestion et l’expert-comptable.

L’objectif de cette série reste inchangé : apporter des réponses concrètes et accessibles pour permettre aux entreprises d’anticiper sereinement leur transition vers la facturation électronique.

stéphanie grobon

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